Antibiotica zijn stoffen die ziekteverwekkers  in het lichaam bestrijden.
In de veehouderij worden antibiotica voorgeschreven om zieke dieren te  behandelen en verschijnselen van ziekte zoveel mogelijk te beperken. Het toedienen van antibiotica aan gezonde dieren is verboden.

Antibiotica zijn in de veehouderij alleen op voorschrift van de dierenarts verkrijgbaar. Toch zetten overheid en bedrijfsleven aanvullende stappen. In dat verband heeft de Stuurgroep Antibioticaresistentie Dierhouderij zich ten doel gesteld om via een reductie van 20% in 2011 (t.o.v. 2009) in 2013 een halvering te hebben gerealiseerd.  (zie ook: 'Maatregelen').

Bacteriën
Bacteriën kunnen stoffen (enzymen) maken die door antibiotica, zoals cefalosporinen en penicilline, kunnen worden afgebroken. Maar bacteriën kunnen ook ongevoelig (resistent) worden voor deze antibiotica.
Deze stoffen heten ESBL’s (Extended Spectrum Betalactamase). De bacteriën zelf worden wel aangeduid als 'ESBL’s', maar eigenlijk is het de eigenschap om ESBL’s te produceren.
In ziekenhuizen komen bacteriën met ESBL’s voor. Bepaalde infecties zijn dan moeilijker te behandelen.

Over ESBL’s is veel bekend, maar zeker nog niet alles. Zo loopt al tientallen jaren onderzoek, mede naar mogelijke gevolgen voor mensen. Veel onderzoek wordt overigens in Nederland gedaan onder andere naar de biologische mechanismen achter het ontstaan van resistentie.

Het risico van resistentievorming voor de volksgezondheid komt tot nu toe vooral door het gebruik van antibiotica in de humane geneeskunde. De laatste tijd nemen echter de zorgen toe over het aandeel van het gebruik van antibiotica bij dieren in relatie tot resistentievorming toe. Dit geldt zowel voor de veehouderij als voor de gezelschapsdieren.

Via een reductie van 20% in 2011 (t.o.v. 2009) moet het antibioticumgebruik in de dierhouderij zijn gehalveerd (t.o.v. 2009). Verder willen de overheid en het bedrijfsleven zich met name ook extra inspannen rond die antibiotica, die van belang zijn voor de humane gezondheidszorg.
De stichting Diergeneesmiddelenautoriteit (SDa) houdt toezicht op verantwoord en veilig antibioticagebruik. De productschappen zorgen dat de overtreders van de regels kunnen worden aangepakt.
Het gebruik van antibiotica moet transparant worden. Zo moeten dierenartsen en veehouders alle antibiotica registreren bij een centrale database.

Dierenartsen zijn terughoudend(er) geworden met antibiotica.
Dat kan op basis van bedrijfstechnische mogelijkheden. Zo wordt het project ‘Zicht op gezonde dieren’ ingezet om enerzijds veehouders bewust te maken van het verantwoord gebruik van diergeneesmiddelen. Vervolgens wordt er gewezen op het belang van goede diergeneesmiddelenregistraties, het werken aan het weerbaarder maken van de dieren, te zorgen voor lagere infectiedruk en als bedrijf te werken met een gezondheids- en behandelplan.
Bedrijfstechnisch liggen er kansen in het optimaliseren van het voer, (nog) meer aandacht voor bedrijfshygiëne en het zoeken naar andere alternatieven voor antibiotica.

De Nederlandse veesectoren (varkens, runderen, vleeskalveren en pluimvee) hadden en hebben dus afspraken lopen; deze zijn in 2008 reeds vastgelegd in convenanten en in sectorale 'masterplannen'.
Centraal staat de opzet van de database voor de registratie van alle gebruikte middelen. De inzet wordt in kaart gebracht en op basis daarvan kan gekeken worden naar verdere verbeterpunten en kunnen bedrijven worden vergeleken (benchmarking).
De verordening van het Productschap Vee en Vlees en de kwaliteitssystemen IKB stellen de registratie van antibiotica verplicht.

In de varkens- en vleeskalversector wordt gewerkt met een ‘één op één relatie’ tussen veehouders en (geborgde) dierenartsen.
In de rundveesector gaat gewerkt worden met één erkende (geborgde) dierenarts.
Het kwaliteitssysteem IKB schrijft voor, dat veehouders en dierenartsen samen werken op basis van gezondheids- en behandelplannen om de gezondheidsstatus van het bedrijf hoog en het medicijngebruik zo laag mogelijk te houden.

In de varkenshouderij (onder andere IKB Varken en Good Farming) worden stappen gezet om de derde en vierde generatie cefalosporinen en quinolonen uit de dierlijke keten te houden.
In de kwaliteitsregeling IKB Vleeskalveren is ook afgesproken dat de zogeheten derde en vierde generatie antibiotica die voor de humane gezondheidszorg van belang zijn, niet meer gebruikt mogen worden. Het betreft de cefalosporinen, (fluoro)quinolonen en langwerkende macroliden.
In de zuivelsector is de registratie vanaf 2012 eveneens in kwaliteitssystemen opgenomen.